现阶段，大多数种子企业在短期内还不能实现独立品种创新，这些种子企业就必须走联合或兼并、整合资源的道路，建立从资源到品种的育种创新链。鼓励种子企业广泛采用企业竞合战略，鼓励企业兼并重组，促进区域性龙头企业发展。种业科企联合发展模式应根据不同地域采取不同形式，非整建制地梯次推进。在发展中不断调整合作机制：前期主要由科学系统的协议、合同文本为基础，中期可以探索部分人员、课题组、部门转移和交流，后期则探索科研与企业机构部分或整体合并。
辽宁省农科院与东亚种业集团的联盟、中国水稻研究所与合肥丰乐种业合作成立“国丰杂交水稻研究开发中心”就采取了联合育种模式。双方以协议的形式确定了价格补偿标准和后续收益分配，还探索了企业买断知识产权模式、特别许可使用模式和合作开发模式，取得了良好的效果。
品种持续创新与同步转化，是中国种业生存与发展的动力之源。一个新品种的育成和推广应用，一般需要十几个世代，利用海南加快晋代，至少也需要5年以上的时间。因此，农作物育种应从长计议进行战略性的思考。中国未来在国际农产品流通市场竞争的主要对手是美国，美国垄断全球的农业高科技创新人才和主要农业生物技术。因此，我国将要面对的是农业高技术人才、高技术产品、农产品市场份额的激烈竞争与长期较量。
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