不同的种子发芽率也不同，决定种子萌发的因素有很多，有的种子在休眠期不能发芽，有的已经死亡。温度也是决定种子发芽的重要因素。 通过对种子发芽率的测量是一项衡量种子质量的标准。
种子发芽除了本身发育完全的内在条件外，尚需要有适当的环境条件配合才能进行。所谓环境条件主要包括水分、温度、空气和光线等。(一)水分: 水分是种子发芽所绝对必须的。有了水分，酵素才能活动，种子贮藏的养分才能水解产生作用，细胞也才能膨胀伸长。(二)氧气: 种子开始活动就要进行呼吸作用，也就需要氧气。所以播种时浇水太多，种子反而会腐烂，就是因为缺氧的原故。只有少数水生植物的种子，能在缺氧状况下发芽。(三)温度: 植物种子的发芽温度可以从0-40℃的范围，但每一种植物都有其发芽适温，也就是最适合于发芽的温度。植物的发芽适温因原产地而异，一般而言，温带植物以15-20℃为最适，亚热带及热带植物以25-30℃为适。(四)光线: 有些植物的种子需要有光线才能发芽，也有些植物则正好相反，前者称为好光性种子，后者称为嫌光性种子。所以播种后应考虑植物对光线的好恶来决定覆土与否。一般细小的种子由于养分贮藏少，不足以支持胚芽由土中长出仅能在地表发芽，多属于好光性。而这些在一般的自然环境中变化的比较大，这个时候就可以使用光照培养箱。
还有一点就是在种子发芽时种子之间距离也会影响种子的发芽。在实验过程中对种子间距按不同种子要求也不一样，这个时候就要使用到真空数种置床仪来进行，它可以将那些种子进行等距离的放置，同时也可以进行种子数粒这个功能。
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