2006年8月全国种子工作会议以来，各省（区、市）农业行政主管部门迅速行动，加大工作力度，强化措施落实，切实推进种子管理体制改革，并取得了阶段性成果。到2006年底，已有26个省成立了由政府分管领导挂帅的种子管理体制改革领导小组，部分县市也成立了由政府领导牵头的领导小组。有20多个省（区、市）政府根据本地实际制定印发了贯彻落实国办40号文件的实施意见，其他省（区）的实施方案也在征求意见或等待审批。目前，多数县市也已制定了政企脱钩方案。
河北、黑龙江、云南、山东、广西、甘肃、福建等省区根据企业的不同情况进行分类，有针对性地提出了解决意见，有的还明确了农业、国资管理等部门的工作分工；山西、江西、上海、广西、甘肃、安徽、辽宁等省区市对健全种子管理机构提出了具体要求，北京、河北、江西、黑龙江等省市对完善种子管理机构职能，强化监管能力作出了具体规定。
改革过程中，各地认真贯彻国办40号文件精神，在摸清情况、理清思路的基础上，创新性地开展工作，提出了有针对性的政策措施，有效地推动了体制改革的顺利进行。一些省区在抓好政企脱钩的同时，强化种子管理机构和队伍建设，加强种子市场监管。如湖南、黑龙江等省结合种子管理体制改革，强化了省、县级种子管理机构建设，加强种子市场监管。湖南县级农业行政主管部门全部设立了种子管理站，5个市州种子管理机构充实了工作人员，其中娄底市为公务员管理模式，其余的全部参照公务员管理，省种子站也正在办理参照公务员管理的手续。山西、江西等省要求，由于合并、撤销等原因造成种子管理机构性质改变、人员减少的，必须限期恢复和完善，以稳定和加强种子管理机构建设，强化种子市场监管。山东省种子管理体制改革实行分级负责，做到省、市、县责任明确，有计划分步骤地实施改革，国有种子公司在清产核资的基础上按照政企分开、事企分开的原则，先移交给同级国有资产管理机构，实现与农业行政主管部门彻底脱钩，然后再本着“国有资产不流失、职工利益有保障、改后企业促发展”的原则进行改革。
尽管种子管理体制改革取得了阶段性成果，但是不同省份、地区之间的进展还不平衡，个别地方对改革的认识还不到位，主动性还不够强，存在畏难情绪等。因此，农业部要求各级农业行政主管部门提高认识，要从建设现代农业的全局出发，从促进种业健康持续发展的高度去认识种子管理体制改革的重大意义，按照国办文件要求，务求在2007年6月底之前完成这次改革。实现这一目标，时间非常紧迫，任务十分艰巨，必须明确时限要求，坚决按期完成。这次改革不仅仅是国有种子企业与农业行政主管部门脱钩，更重要的是通过改革构建公平、公正的种子管理体系，健全种子管理机构，强化种子市场监管，实现中国种业管理体制、市场运行机制的协调发展。
春耕备耕在即，农业部还要求各地农业部门在积极推进改革的同时，要加强对种子市场的监督检查，加强对种子供求信息的调研与发布，引导种子企业有序供种和农民购种，确保农业生产用种数量与质量，保障农业生产安全。
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