农业部财政部施行“良种补贴”已经6年。良种补贴项目的实施，加大了部分优良品种的推广速度，使农民能以较低的价格购买到良种，农民从补贴得到实惠，选择优良品种和种粮积极性得到提高。从而对我国粮食增产起到一定的积极作用。
但是良种补贴的过程中也出现了许多的问题，好多回避不了的问题。业界对此怨声颇多。首先容易滋生腐败。要获得良种补贴的资格需要应标。大公司一般应标需过三道关，首先到省农业部门争取列为招标采购品种，再到地市农业部门确认为进入品种，最后再到县农业部门参与投标。一道关就是一层皮。问题就出在招标环节。操作模式设置的不是很严密，招标暗箱操作的多，给腐败分子留下可乘之机。最终受益的是各地管理部门和本土公司。腐败的具体形式：
1、 农业局和种子管理部门的头头脑脑通过注册他人挂名的民营公司，直接中标良种补贴
2、民营公司应标，承诺给农业局或者有关领导返回一定比例的服务费，从而获得中标。
3、采取做假补贴票或造假名册的方式，虚报补贴面积，获得更多补贴。获得补贴远远超出实际补贴面积。
中国的种业界有两次大面积的腐败，一次是前几年郑单958紧俏的时候，送礼才能拿到货是公开的秘密；再一次就是良种补贴，关系不到位的、非本土化的公司拿到指标不是一件容易的事情。上一个是市场化腐败，毕竟范围小，这一次是制度化腐败，涉及面更加广泛，危害严重，影响大。
其次，打破种业界自《种子法》实施以来，多年积累才逐步形成的来之不易的公平竞争的格局，使原来一些濒临倒闭的公司死而复生，无序竞争的局面短期内难以改变，助长了地方保护主义，区域垄断有所回潮，使行业市场化的进程减缓，不利于行业内的充分竞争，使大公司不强，小公司不死，不利于行业大格局的形成，行业竞争力下降，难以对抗国外种业。推迟了部分优良品种进入市场的速度。部分新推广的优良品种由于数量少，一时难以获得竞标资格，农民购买不到。
部分劣质种子或者过时品种通过中标公司合法的流入市场，并进入大田生产环节，给农业生产造成损失。南阳市利华种子有限公司中标后供应劣质种子一案就为我们敲响了警钟。应标品种实际供应品种不符，大多装的是未中标的优良品种，侵权违法现象严重，这几年受伤害最多的品种就是郑单958。同时也剥夺了农民购种的知情权。
大家对这个问题讨论的很是热烈，主要还是针对其弊端而言，确实说的很充分了，并且也列举了翔实的事例。但问题确实属于体制性的问题，是执行过程中的问题，是操作层面的问题，不是本质性、致命性的问题，也是有办法克服的。
良种补贴的出路何在？我想良种补贴肯定要搞。因为良种补贴对农业生产有益。也有以下几方面的原因。一是因为国家不能自己否认自己的政策，现届政府不会取消。二是国家促进粮食生产的心情比较迫切，能想的办法都想了，多一个办法总比少一个好。从国家粮食安全的大局出发，一点腐败就不是十分可怕了。三是良种补贴彰显了国家给予农民的实惠，有实际的政治意义。
所以，我们现在要谈论的只是完善的问题。为了确保把好事情办好，真正体现和落实党的惠民政策，加快优良品种的推广速度，我提出以下完善的建议：
1、 公开招标程序。招标的整个过程要公开，可以允许媒体参与，可以允许非竞标单位旁听。或者设立专门的监督委员会监督政府招标过程。特别是品种的确定，要多关注新品种。
2、加大审计力度。每年各地审计部门应组织对良种补贴的专项审计，发现问题，追究相关责任，并取消连续多年的良种补贴参与资格。
3、应标公司范围扩大，不能局限于当地公司，每个区域的竞标公司中必须有全国性的大公司参与，确保应标公司的质量。没有大公司参与，则招标无效。
如果有这些保障措施，这个好政策会得到好体现和落实的。
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